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hMeDIP-seq(羥甲基化測序)

hMeDIP-seq介紹

5hmC,作為5-甲基胞嘧啶(5mC)的氧化產物,是DNA甲基化修飾動態調控過程重要的中間產物。5hmC主要富集在基因的轉錄起始位點,轉錄終止位點和基因遠端區域的上游和下游。已有研究報道5hmC與癌癥、神經退行性疾病等有關。2017年,《Cell Research》上連續發表了兩篇使用芝加哥大學何川教授設計并優化的5hmC富集測序技術,驗證5hmC在腫瘤臨床應用的文章。


伯豪特色

1. 特異性檢測羥甲基化: 5-hmC抗體能夠區分甲基化和羥甲基化信號,特異性的檢測羥甲基化區域。

2.  靈活度高:能夠直接對任意物種的高羥甲基化片段進行測序,無需已知的基因組序列信息。

3. 檢測范圍廣:覆蓋整個基因組范圍的羥甲基化區域。

4. 精確度高:能夠在實際結合位點50個堿基范圍內精確定位。

5. 數字化信號:直接對羥甲基化片段進行測序和定量,不存在傳統芯片雜交的熒光模擬信號帶來的交叉反應和背景噪音問題。

 

實驗流程

第一步:5hmC信號捕獲,通過化學標記捕獲技術可特異性富集全基因組近2萬個含有5hmC修飾的基因片段。

第二步:二代測序,對富集到的基因片段進行二代測序,獲得全基因組5hmC的分布和含量。

第三步:生成數據與發送報告。

 

樣本要求

樣品類型:gDNA,組織,細胞(物種不限)

樣品純度:OD 260/280值應在1.8~2.0 之間;RNA 應去除干凈;

樣品濃度:使用Qubit準確定量DNA濃度

樣品總量:每個樣品DNA起始總量不少于1ug。

參考文獻

 

研究者先用免疫組化的方法證明黑色素瘤組織相比正常痣,其羥甲基化程度降低,結合臨床數據證明DNA羥甲基化水平可以作為黑色素瘤的預后標志物。然后對70例病人的DNA羥甲基水平采用hMeDIP-seq的方法進行檢測,在全基因組范圍內研究黑色素瘤羥甲基化變化的分布位點。最后建立動物模型實驗找到了黑色素瘤中整體羥甲基化水平降低的根本原因。

研究線路

 

 

 

結果展示

 

圖1黑色素瘤細胞中關鍵基因羥甲基化水平發生變化

 

 

圖2 黑色素瘤細胞中關鍵基因發生羥甲基化水平變化

參考文獻

Lian C G, Xu Y, Ceol C, et al. Loss of 5-hydroxymethylcytosine is an epigenetic hallmark of melanoma[J]. Cell, 2012, 150(6): 1135-1146.


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